Ernst Munneke studeerde aan de conservatoria van Utrecht en Amsterdam bij Alan Weiss, Jan Wijn en Håkon Austbø en specialiseerde zich in liedbegeleiding bij Rudolf Jansen. Met bariton Thomas Oliemans volgde hij masterclasses bij Dietrich Fischer-Dieskau. Daarnaast studeerde hij in de Verenigde Staten aan het Brevard Music Center in North Carolina, het Manchester Music Festival in Vermont en het gerenommeerde Tanglewood Music Festival in Massachussetts. Hij behaalde diverse prijzen, waaronder de eerste prijs op het Belvedere Wettbewerb für Opern-Korrepetition in Wenen.
Ernst Munneke maakt sinds 2009 deel uit van de muzikale staf van De Nationale Opera, na jaren als freelance-repetitor te hebben gewerkt. Als repetitor werkte hij eerder voor onder andere de Nederlandse Reisopera en Opera Zuid, en begeleidde hij masterclasses in Nederland, Duitsland, Zwitserland en Italië. Naast zijn werk als repetitor werkt hij privé als muzikale coach voor zangers en hij heeft een intensieve concertpraktijk als liedbegeleider en kamermusicus met vele zangers en instrumentalisten.